Идея его создания зародилась в клубе любителей традиционной японской логической игры го. На встрече с сибирскими любителями игры го японские мастера были удивлены их мастерством. Президент общества «Хоккайдо — Россия» Нэмото Сэйити, который входил в состав японской команды игроков, высказал идею о создании Дома, где такие встречи могли бы проходить регулярно.

Мэр города Новосибирска И. И. Индинок помог претворить этот план в жизнь в рамках программы укрепления побратимских связей. Спустя некоторое время русские и японские архитекторы вместе создали проект здания, который был удостоен диплома на Парижской выставке.
Президент общества «Хоккайдо — Россия» возглавил реализацию проекта с японской стороны и оказывал всестороннюю поддержку на всех этапах, совершив 13 визитов в Новосибирск. Нэмото Сэйити сделал большой материальный вклад в создание русско-японского Центра. Собрав в Саппоро пожертвования в сумме 250 000 долларов, он передал их мэрии г. Новосибирска в качестве частичной компенсации затрат на строительство.

С 2016 года Центр расширил рамки своей работы, подписав договор о сотрудничестве с Центром международных обменов Тэджон. Этот южнокорейский город стал побратимом Новосибирска в 2001 году. Поэтому уже в течение нескольких лет Центр знакомит новосибирцев не только с японской, но и с корейской культурой.